בפנימיית ניר העמק מתקיימים שיעורי עזר במגוון נרחב של מקצועות, וכל זאת במטרה לאפשר לחניכים תגבור לימודי משמעותי מתוך מטרה לקדם את החניכים בהישגים הלימודיים שלהם.

במסגרת המרכז למידה יש לפנימייה מורים מתרגלים סטודנטים וכן מורים מבית הספר שמלמדים את החניכים בשעות אחה"צ – ערב, במתמטיקה, אנגלית , רבי מלל ואולפן.
בשנים האחרונות ההישגים הלימודיים של חניכי הפנימייה משתפרים, ובשנה האחרונה אחוז הזכאות הגיע ל78% , כשהשנה הצפי הוא לעבור את ה80%.
השיפור קשור קשר ישיר לתגבורים הלימודיים  שמתקיימים במסגרת של קבוצות למידה פרטניות.